枢密院向皇帝奏报军情要务，一般情况下不经过中书省。重大的军事决策，皇帝要召集中书省和御史台等中枢机构官员与枢密院官员一同商议。蒙古皇帝每年夏季赴上都避暑，枢密院官员大多随行，只留副使或佥院一、二员于大都，暂管枢密院事务。重要的公文和军事奏报都要转送上都，由跟随皇帝的院官处置。如果发生突然事变，留守大都的院官可以调动军队和采取紧急措施。

为了保证驻在漠北草原上的蒙古各部的军政统一，忽必烈取消了蒙古左、右翼万户长，各蒙古千户的长官直接听命于枢密院。元廷曾长年委派一员知院坐镇漠北，就地处理军务。

.宗王出镇

蒙古国时期分封的蒙古宗王，都拥有直属的蒙古千户和封地。忽必烈改变了这种做法，将自己的几个儿子分派到漠北、陕西、云南、吐蕃等地作为出镇宗王，不再封给他们蒙古千户和封地，只授以宗王节制当地军队的权利，有战事时作为军队的最高指挥官。在漠北出镇的宗王，地位在坐镇漠北的知院之上。元朝中期，在鄂州和扬州等地也设置了出镇宗王。出镇宗王多是忽必烈的后裔，更换袭任需由皇帝亲自决断。

.行枢密院与行省官员掌军政

为统一指挥军队对宋作战，忽必烈先将统管探马赤军和汉军的都元帅改建为统军司，后又改为行枢密院或行中书省。统军司和行院、行省的官员，都由皇帝任命，具有指挥军队作战、调配军需物品、措置边防戍守等权力。

全国统一之后，行枢密院相继撤罢，在全国设立河南江北、江浙、湖广、江西、四川、云南、陕西、甘肃、辽阳、岭北个行省。各行省设置平章二员，兼管军事，总督本省军马。行省平章一般由蒙古人充任，有时也用色目人，汉人不得任职。行省内的万户府，元帅府等，是行省的下属军府。在远离行省中心的地区或少数民族聚居地区，设立宣慰司都元帅府掌军政和民政，作为行省和郡县的中介机构。

各行省的军队调发，需经枢密院批准传旨。行省内务军队的镇戍和屯田地点，也要由行省官员和枢密院协议确定。在某一地区发生战乱，先由枢密院传旨所在行省平章，调派军队镇压，如不奏效，则传命附近行省发军会剿。有时，也在战事频繁的地区设立行枢密院，临时提调从各省调来的军队，战事平复后则撤销。

兵役制度