枢密院向皇帝奏报军情要务一般情况下不经过中书省重大的军事决策

枢密院向皇帝奏报军情要务，一般情况下不经过中书省。重大的军事决策，皇帝要召集中书省和御史台等中枢机构官员与枢密院官员一同商议。蒙古皇帝每年夏季赴上都避暑，枢密院官员大多随行，只留副使或佥院一、二员于大都，暂管枢密院事务。重要的公文和军事奏报都要转送上都，由跟随皇帝的院官处置。如果发生突然事变，留守大都的院官可以调动军队和采取紧急措施。

为了保证驻在漠北草原上的蒙古各部的军政统一，忽必烈取消了蒙古左、右翼万户长，各蒙古千户的长官直接听命于枢密院。元廷曾长年委派一员知院坐镇漠北，就地处理军务。

.宗王出镇

蒙古国时期分封的蒙古宗王，都拥有直属的蒙古千户和封地。忽必烈改变了这种做法，将自己的几个儿子分派到漠北、陕西、云南、吐蕃等地作为出镇宗王，不再封给他们蒙古千户和封地，只授以宗王节制当地军队的权利，有战事时作为军队的最高指挥官。在漠北出镇的宗王，地位在坐镇漠北的知院之上。元朝中期，在鄂州和扬州等地也设置了出镇宗王。出镇宗王多是忽必烈的后裔，更换袭任需由皇帝亲自决断。

.行枢密院与行省官员掌军政

为统一指挥军队对宋作战，忽必烈先将统管探马赤军和汉军的都元帅改建为统军司，后又改为行枢密院或行中书省。统军司和行院、行省的官员，都由皇帝任命，具有指挥军队作战、调配军需物品、措置边防戍守等权力。

全国统一之后，行枢密院相继撤罢，在全国设立河南江北、江浙、湖广、江西、四川、云南、陕西、甘肃、辽阳、岭北个行省。各行省设置平章二员，兼管军事，总督本省军马。行省平章一般由蒙古人充任，有时也用色目人，汉人不得任职。行省内的万户府，元帅府等，是行省的下属军府。在远离行省中心的地区或少数民族聚居地区，设立宣慰司都元帅府掌军政和民政，作为行省和郡县的中介机构。

各行省的军队调发，需经枢密院批准传旨。行省内务军队的镇戍和屯田地点，也要由行省官员和枢密院协议确定。在某一地区发生战乱，先由枢密院传旨所在行省平章，调派军队镇压，如不奏效，则传命附近行省发军会剿。有时，也在战事频繁的地区设立行枢密院，临时提调从各省调来的军队，战事平复后则撤销。

兵役制度